Boogiepop Phantom est une série sur le passé et son action sur le présent, sur les sentiments humains, le tout vécu par une demi-douzaine de personnages sans apparente relation entre les uns et les autres. Ils sont réunis cependant par un personnage énigmatique et ambivalent, aux multiples visages, qui porte en lui le germe de l'androgynie et du paradoxe, car il n'est pas égal à lui-même. Ce Shinigami, (ange et esprit de la mort) comme l'appellent les lycéennes du premier épisode, n'est autre que le Boogiepop, qui provoque autour de lui des épanchements paranormaux venant troubler l'esprit déjà peu clair des gens aux quels il apparaît.