Depuis des générations, les Kushinada existe pour protéger la Terre des monstres Aragami. Kunikida, chef du BST, une section secrète de la police, Débarque un jour dans la vie de lycéenne de Momiji, lui annonçant qu'elle est la dernière héritière des Kushinada et qu'elle doit être protégée à tout prix. Et très vite Momiji se trouve confronter à la terreur des Aragami. Elle rencontrera Kusanagi, un jeune homme étrange et puissant qui en premier lieu veut la descendre, et qui finira par devenir son protecteur.